Isabelle Nanty apparaît très tôt au cinéma, et fait des apparitions chez Michel Caputo (Les planqués du régiment, avec Paul Préboist, en 1982) et Paul Boujenah (Le faucon, avec Francis Huster, en 1983) avant de commencer à monter sur les planches, en 1984. Si on la voit jouer sur scène jusqu’en 2012, elle ne se consacrera plus qu’à la mise en scène, dans les années 2010.
Humoriste aimée par le public français, elle enseigne au cours Florent et révèle de nombreuses vedettes, dont Gad Elmaleh.
Elle réalisera un seul film, en 2003, Le bison (et sa voisin Dorine), où elle dirige Edouard Baer, avec qui elle collabora au cours Florent. Le film connaît un succès certain, avec 553 000 spectateurs.
Après de nombreux rôles dans les années 80, le grand public la remarque enfin en 1990, dans Tatie Danielle, qui lui vaut une nomination comme meilleur espoir féminin. Elle sera nommée à deux autres reprises, dans la catégorie du meilleur second rôle féminin, notamment en 2002, pour le film de Jeunet, Le fabuleux destin d’Amélie Poulain.
Parmi ses succès emblématiques, on citera Les visiteurs de Jean-Marie Poiré, Astérix et Obélix : Mission Cléopâtre d’Alain Chabat, Pas sur la bouche d’Alain Resnais, Disco de Fabien Onteniente, Les Profs de Pierre-François Martin Lavalle, Incognito d’Eric Lavaine, et la trilogie des Tuche d’Olivier Baroux.
Malgré une carrière cantonnée aux seconds rôles, elle demeure une actrice largement respectée et appréciée par ses pairs.