Fils de l’éditeur Jean Aubier, figure de la Résistance, et de la comédienne Zanie Campan, Pascal Aubier est éduqué dans l’amour des livres et de l’engagement politique. En parallèle à ses études universitaires, il se rend régulièrement au Festival de Moscou où il se lie d’amitié avec le réalisateur Otar Iosseliani qui lui fait découvrir la culture géorgienne. Pascal Aubier participe à la Nouvelle Vague en devenant l’assistant de Jean Rouch, Éric Rohmer et Jean-Luc Godard.
Il réalise lui-même des courts métrages au carrefour du militantisme et de la poésie, parmi lesquels Le soldat et les trois sœurs (Prix Jean Vigo 1973), Les petits coins (compétition officielle Cannes 1986) et La sauteuse de l’ange (1987). Il passe au format long avec Valparaiso, Valparaiso (Quinzaine des Cinéastes 1973), interprété par Alain Cuny et Bernadette Lafont, fable politique emblématique de l’esprit post-soixante-huitard. Esprit que le réalisateur tente de réitérer dans Le chant du départ (1975), avec Brigitte Fossey et Rufus. Les deux films reçoivent un accueil critique honorable mais échouent au box-office. Plus classique, Le fils de Gascogne (1995), joué par Jean-Claude Dreyfus et Grégoire Colin, peine également à trouver son public.
Pascal Aubier apparaît en outre comme acteur dans des petits rôles, pour ses amis Godard et Iosseliani, mais aussi Michel Deville (Bye Bye Barbara, 1969), Miklós Jancsó (Sirocco d’hiver, 1969), Jean-Michel Ribes (Rien ne va plus, 1979), René Gilson (Ma blonde, entends-tu dans la ville ?, 1980), Claire Clouzot (L’homme fragile, 1981), Márta Mészáros (Une mère, une fille, 1981), Jean-Jacques Grand-Jouan (Debout les crabes, la mer monte !, 1983), Marie-France Pisier (Le bal du gouverneur, 1990) ou Okacha Touita (Le cri des hommes, 1991).
Pascal Aubier est décédé le 5 avril 2025 à l’âge de 82 ans.