Acteur et producteur portugais, Joaquim de Almeida commence par effectuer des études de théâtre à Lisbonne, mais abandonne tout pour se rendre aux Etats-Unis où il tente sa chance. Il reçoit ainsi un enseignement de premier ordre au Lee Strasberg Theatre and Film Institute de New York. Il s’impose sur scène dans des rôles complexes et commence également à jouer à la télévision et au cinéma. On le voit ainsi dans un rôle secondaire dans Le soldat (Glickenhaus, 1982), puis Le consul honoraire (Mackenzie, 1983) d’après Graham Greene et avec Richard Gere. Parlant couramment plus de six langues, Joaquim de Almeida devient un acteur insaisissable, capable de tourner des œuvres aux quatre coins du monde, dans des styles très différents.
Il est remarqué dans le magnifique Good morning Babilonia (Taviani, 1987) dont il interprète un des deux rôles principaux. Joaquim de Almeida joue alors en France dans Terre sacrée (Pacull, 1988), Milan noir (Chammah, 1988) avec Isabelle Huppert et surtout dans Les deux Fragonard (Le Guay, 1989) face à Robin Renucci. On le retrouve ensuite dans un nombre conséquent de films dont on peut citer Le roi ébahi (Uribe, 1991), Retrato de Família (Teles, 1991), Le maître d’escrime (Olea, 1992) et Amok (Farges, 1993) avec Fanny Ardant.
Après ce passage européen, il reprend une carrière plus américaine avec Danger immédiat (Noyce, 1994), Only You (Jewison, 1994) et Desperado (Rodriguez, 1995). Pourtant, l’Europe le rappelle et il joue ensuite dans des productions portugaises dont Pereira prétend (Faenza, 1995) et Capitaines d’avril (de Medeiros, 2000). Il connaît un beau succès dans les pays hispanophones en incarnant Sherlock Holmes dans O Xangô de Baker Street (Faria Jr, 2001). On le retrouve dans En territoire ennemi (Moore, 2001), Entre chiens et loups (Arcady, 2002), Sueurs (Couvelaire, 2002) et il joue dans la série à succès 24 heures chrono. La télévision lui fait de l’œil et il tourne la série Wanted.
Au cinéma, il multiplie les apparitions, notamment dans Che – 2ème partie – Guerilla (Soderbergh, 2008), Loin de la terre brûlée (Arriaga, 2008), The Signal (Fragata, 2010) et Fast & Furious 5 (Lin, 2011). Il rencontre un nouveau beau succès en tournant dans La cage dorée (Alves, 2013), puis recommence à cachetonner dans des séries innombrables, mais aussi des films comme Hitman & Bodyguard (Hughes, 2017). En 2020, il interprète le rôle principal de Fatima de Marco Pontecorvo, fils de Gillo Pontecorvo. Joaquim de Almeida connaît également le succès avec la série Reine du sud située au Mexique et à laquelle il a participé entre 2016 et 2018.