Acteur géorgien, Merab Ninidze est né dans l’espace soviétique où il a commencé sa carrière cinéma en 1984 dans Le repentir (Abuladze). Il apparaît dans plusieurs films, avant de choisir de s’installer en Autriche en 1994. Là, sa carrière va décoller grâce à des productions locales et allemandes. On le retrouve à l’affiche de L’espace de la grâce (Gruber, 1994), Le jour où Sascha est revenu (Rebic, 1997), et surtout Luna papa (Khudojnazarov, 1999). Ninidze intègre une production internationale avec Alma, la fiancée du vent (Beresford, 2001), puis Nulle part en Afrique (Link, 2001).
Toutefois, à partir du début des années 2000, Ninidze tourne de plus en plus souvent pour la télévision. Au cinéma, on le retrouve dans Soldat de papier (German, 2008), Le quatrième pouvoir (Gansel, 2014), Le pont des espions (Spielberg, 2015), La lune de Jupiter (Mundruczó, 2017) et Un espion ordinaire (Cooke, 2020). Il a également participé à la série Homeland.