Acteur belge, Jean-Paul Comart a effectué sa formation de comédien au Conservatoire royal de Bruxelles où il obtient le premier prix. Il entame alors une carrière théâtrale au Théâtre national de Belgique. Il débute au cinéma en 1980 sous le nom de Jean-Paul Connart dans Prune des bois (Lobet, 1980), puis enchaîne avec Meurtres à domicile (Lobet, 1982) et surtout La balance (Swain, 1982) qui le révèle au public français. A partir de 1985, Jean-Paul Comart change son nom et joue dans Scout toujours (Jugnot, 1985), États d’âme (Fansten, 1986) ou encore Je hais les acteurs (Krawczyk, 1986). Il est encore présent dans la comédie Club de rencontres (Lang, 1987) et dans le drame historique La vie et rien d’autre (Tavernier, 1989), mais est de plus en plus sollicité par la télévision et le théâtre.
On le revoit toutefois dans des seconds rôles dans Tumultes (van Effenterre, 1990), L627 (Tavernier, 1991), Un crime (Deray, 1993), L’appât (Tavernier, 1994), Chouchou (Allouache, 2003), La guerre des miss (Leconte, 2009), Welcome (Lioret, 2009), La prochaine fois je viserai le cœur (Anger, 2014). Plus récemment, on a pu le retrouver dans le Maigret de Patrice Leconte face à Gérard Depardieu.