Acteur néerlandais, Gijs Naber débute au cinéma en 1998. Il joue d’abord dans des productions locales comme Cool ! et 06/05 (2004) de Theo van Gogh, ainsi que des séries télévisées. On le voit aussi en second rôle dans Black Book (2006) de Paul Verhoeven, et Les derniers jours d’Emma Blank (2009) d’Alex van Warmerdam.
La comédie romantique Aanmodderfakker (2014) de Michiel ten Horn lui apporte le succès et il gagne des récompenses : prix d’interprétation masculine aux Nederlands Film Festival et SUBTILE European Film Festival, et prix du meilleur acteur aux Rembrandt Awards.
Gijs Naber est ensuite à l’affiche du film d’action Viking : L’invasion des Francs (2018) de Roel Reiné, et du biopic My Foolish Heart (2018) de Rolf van Eijk.
En 2021, il incarne l’un des personnages principaux de L’histoire de ma femme de la réalisatrice hongroise Ildikó Enyedi, aux côtés de Léa Seydoux et Louis Garrel. Le film est en compétition officielle au Festival de Cannes.